La bandera del municipio de San Carlos la ideó el PADRE JULIO NOREÑA, ilustre Sacerdote nacido el 15 de marzo de 1898 en Marinilla-Antioquia, en el hogar formado por don Ildefonso Noreña G. y Doña Sofía Gómez. Fue ordenado Sacerdote por Monseñor Caicedo el 2 de abril de 1927, cantó su primera misa en la Iglesia de la América en Medellín, en 1933 regía los destinos de esta parroquia donde permaneció por espacio de 7 años como párroco de la localidad, este ilustre levita se incrustó en la historia y el corazón de los sancarlitanos.
La bandera está formada por dos franjas de igual ancho; en la parte superior de color blanco que significa paz y la parte inferior de color rojo que significa amor; aunque no existe acuerdo del Concejo Municipal de San Carlos que así lo determine, esta es reconocida por toda la comunidad.